Для установки расширения mysqli для PHP, используйте конфигурационную директиву --with-mysqli=mysql_config_path/mysql_config , гдеmysql_config_path - путь к утилите mysql_config, которая поставляется с MySQL версии 4.1 и больше.
Если вы хотите установить расширение mysql вместе с mysqli, вы должны использовать одинаковые клиентские библиотеки во избежание возможных конфликтов.