Размещение динамического контента, такого как скрипты либо любые другие исполняемые файлы, в директории веб-сервера делает его потенциально опасным. В случае, если в конфигурации сервера допущена ошибка, возможна ситуация, когда скрипты не выполняются, а отображаются в браузере, как обычные HTML-документы, что может привести к утечке конфиденциальной информации (например, паролей), либо информации, являющейся интеллектуальной собственностью. Исходя из таких соображений, многие системные администраторы предпочитают использовать для хранения скриптов отдельную директорию, работая со всеми размещенными в ней файлами по CGI-интерфейсу.
В случае, если невозможно гарантировать, что запросы не перенаправляются, как было показано в предыдущем разделе, необходимо указывать переменную doc_root, которая отличается от корневой директории веб-документов.
Вы можете установить корневую директорию для PHP-скриптов, настроив параметр doc_root в конфигурационном файле, либо установив переменную окружения PHP_DOCUMENT_ROOT. В случае, если PHP используется посредством CGI, полный путь к открываемому файлу будет построен на основании значения переменной doc_root и указанного в запросе пути. Таким образом, вы можете быть уверены, что скрипты будут выполняться только внутри указанной вами директории (кроме директории user_dir, которая описана ниже).
Еще одна используемая при настройке безопасности опция - user_dir. В случае, если переменная user_dir не установлена, путь к открываемому файлу строится относительно doc_root. Запрос вида http://my.host/~user/doc.php приводит к выполнению скрипта, находящегося не в домашнем каталоге соответствующего пользователя, а находящегося в подкаталоге doc_root скрипта ~user/doc.php (да, имя директории начинается с символа ~).
Но если переменной public_php присвоено значение, например, http://my.host/~user/doc.php, тогда в приведенном выше примере будет выполнен скрипт doc.php, находящийся в домашнем каталоге пользователя, в директории public_php. Например, если домашний каталог пользователя /home/user, будет выполнен файл /home/user/public_php/doc.php.
Установка опции user_dir происходит независимо от установки doc_root, таким образом вы можете контролировать корневую директорию веб-сервера и пользовательские директории независимо друг от друга.